DNA Sequencing Data Reveals New Hybrid E. coli Strain is Cause of German Outbreak

(02.06.2011) Life Technologies Corporation today announced that preliminary data from DNA sequencing performed in cooperation with the University Hospital Muenster, Germany, on the Ion Personal Genome Machine (PGM™) strongly suggests that the bacterium at the root of the deadly outbreak in Germany is a new hybrid type of pathogenic E. coli strains.

The data obtained from the DNA sequencer shows the presence of genes typically found in two different types of E. coli: enteroaggregative E. coli (EAEC) and enterohemorrhagic E. coli (EHEC). These results, which are being confirmed by further data analysis on the Ion PGM™, may provide insight into this bacterium's aggressiveness and help prevent further outbreaks.

"The rapid whole genome sequencing results enabled us to discover within days a unique combination of virulence traits ... and makes this German outbreak clone a unique hybrid of different E. coli pathovars," said Dr. med. Alexander Mellmann, scientist at the German National Consulting Laboratory for Hemolytic Uremic Syndrome (HUS) at the Institute of Hygiene, University Hospital Muenster.

The data gathered at Life Technologies' laboratories in Darmstadt, Germany, will be used by scientists at the University Hospital Muenster, to develop better tests to positively identify the illness in people showing symptoms of the infection, which includes kidney failure and bloody diarrhea. For the first time since the outbreak, it is now possible to study in detail the basis for what makes this strain so aggressive.

Life Technologies' Simone Guenther, Ph.D., who carried out the sequencing work, said: "The severity of this outbreak meant that speed was of the essence. We were able to provide the data in record time to University Hospital Muenster. In previous outbreaks it would have taken much longer to reach this stage."

To prevent further spreading of the bacterium, Life Technologies began shipping its custom E. coli testing kits to European laboratories this week to screen contaminated food thought to be at the center of the outbreak that has killed 17 people and affected more than 1,000 in Europe. 

The kits serve as a first line of defense to detect the presence of pathogenic E. coli. Secondary testing is then performed using more specific kits.  Life Technologies will develop new customized kits specifically designed to detect the hybrid strain in Germany once the sequencing data has been fully analyzed in the next few days. The company can design custom assays in less than one week.  

The kits shipped to Europe are part of a large offering of molecular tests developed by Life Technologies capable of accurately detecting most pathogens that are dangerous to humans. The Ion PGM™ is a DNA sequencing instrument featuring semiconductor technology that can complete a highly accurate sequence of DNA in just two hours.  The DNA sample used for the sequencing work was collected from a patient with the illness. 

The Ion Personal Genome Machine sequencer is for research use only. Not for use in diagnostic procedures.




Weitere Meldungen

BVL

Symposium zur Lebensmittelsicherheit: Prävention durch Information

BVL und JRC veranstalten am 27. und 28. Oktober 2016 eine Fachveranstaltung zur Früherkennung von Lebensmittelkrisen
Weiterlesen

BfR

Lebensmittelsicherheit: Handeln in Krisen und Krisenprävention

Das BfR veranstaltet gemeinsam mit der französischen Agentur für Lebensmittelsicherheit (ANSES) und dem nationalen Lebensmittelinstitut der dänischen Technischen Universität ein Symposium zum Thema Handeln in Krisen und Krisenprävention
Weiterlesen

EHEC-Untersuchung im Labor; Bildquelle: BfR

Bilanz: ein Jahr nach dem EHEC-Ausbruch in Deutschland

Die Bundesminister Aigner und Bahr ziehen Bilanz: "Größter EHEC-Ausbruch in Deutschland wurde erfolgreich bewältigt – Der Bund optimiert die Zusammenarbeit der Behörden zum Schutz der Bürgerinnen und Bürger"
Weiterlesen

Friedrich-Loeffler-Institut (FLI),

Pandemien frühzeitig erkennen und verhindern: Projektstart für "ANTIGONE"

Im Rahmen eines Forschungsverbundes zur schnelleren Erkennung und besseren Bekämpfung von Infektionserregern starten im Friedrich-Loeffler-Institut Forschungsarbeiten über das Darmbakterium EHEC O104:H4, den Erreger des Q-Fiebers Coxiella burnetii und den Pesterreger Yersinia pestis
Weiterlesen

BfR

BfR veröffentlicht Abschlussbericht zum EHEC-Ausbruch 2011

Der EHEC-Ausbruch von Mai bis Juli 2011 war der größte Ausbruch mit enterohämorrhagischen Escherichia coli (EHEC), den es seit dem Zweiten Weltkrieg in Deutschland gegeben hat
Weiterlesen

Nationale Forschungsplattform für Zoonosen

Ein zoonotischer Erreger verabschiedet sich – aber sein Nachfolger kommt bestimmt

Nationale Forschungsplattform für Zoonosen zieht Resümee des EHEC/HUS O104:H4 Ausbruchs: Grundlage der raschen Forschungserfolge ist die immer besser vernetzte Zusammenarbeit von Human- und Veterinärmedizin
Weiterlesen

EFSA

EFSA veröffentlicht Taskforce-Bericht über die E. coli O104:H4-Ausbrüche in Deutschland und Frankreich im Jahr 2011

Die EFSA-Taskforce, die mit dem Ziel eingerichtet wurde, die Untersuchungen zur Ermittlung des möglichen Ursprungs der Ausbrüche von E. coli O104:H4 in Deutschland und Frankreich zu koordinieren, ist zu dem Schluss gelangt
Weiterlesen

Magazin

Firmennews

Neuerscheinungen